طرح جامع حمل‌ونقل کشور، سندی است که طبق قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، تدوین برنامه‌های کوتاه‌مدت، میان‌مدت و بلندمدت کشور در زمینه توسعه زیرساخت‌های حمل‌ونقل در همه زیربخش‌ها باید بر پایه آن انجام شود.
طرح جامع حمل‌ونقل به‌عنوان مهم‌ترین سند بالادستی برنامه‌ریزی و توسعه زیرساخت‌های حمل‌ونقل کشور در سال‌های میانی دهه 60 هجری خورشیدی مورد توجه ویژه قرار گرفت ولی به علل گوناگون تاکنون به سرانجام نرسیده است اما در چند سال اخیر به طور خاص و ویژه در دستور کار این معاونت قرار گرفته است.
در تلاش اخیر برای تدوین سند طرح جامع از توان مراکز برتر علمی و دانشگاهی و مهندسین مشاور با بالاترین رتبه‌ها در حوزه راه و حمل‌ونقل به صورت توامان استفاده شده است. این طرح به صورت سیستماتیک در سه بخش در حال پیشرفت است. فاز اول آن با عنوان پیش‌بینی تقاضا تا افق 1414 به اتمام رسیده و به عنوان ورودی فاز دوم با رویکرد تعیین شبکه بهینه حمل‌ونقل در شیوه‌های مختلف مورد استفاده و بر اساس شاخص‌ها و معیارهای حمل‌ونقلی، زیست‌محیطی و اقتصادی طراحی شده و در مراحل پایانی خود قرار گرفته است.
همزمان با پیشرفت فاز دوم، فاز سوم با عنوان طراحی تلفیقی شبکه حمل‌ونقل زمینی هوایی و دریایی در دست اجراست که ماحصل آن طراحی شبکه‌ای یکپارچه برای جابه‌جایی بار و مسافر در شکل بهینه آن است.
اسناد متعددی همچون سیاست‌های کلی نظام در بخش حمل‌ونقل، قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، قانون توسعه حمل‌ونقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت، سند ملی آمایش سرزمین و سند آمایش مراکز لجستیک کشور به عنوان اسناد بالادستی آن مورد بررسی قرار گرفته است.