در بین عوامل توسعه و ایجاد رشدی فزاینده فعالیت‌های جاری هر کشور اساساً حمل‌ونقل ریلی به‌عنوان یک صنعت پاک در جابه‌جایی کالا و خدمت‌رسانی به مسافران دارای ابعاد متنوعی است که توسعه و ارتقای آن مستلزم نگاهی سیستمی و همه‌جانبه از طریق برنامه‌ریزی و تصمیم‌سازی بلندمدت است. بهره‌مندی از نگرش بلندمدت در توسعه حمل‌ونقل ریلی عامل توسعه متناسب صنایع کشور خواهد بود. از سوی دیگر فقدان سازوکارهای اجرایی برای پیاده‌سازی ارکان اصلی سند جامع توسعه حمل‌ونقل و نبود نقشه راهی جذاب برای حضور صد در صدی بازیگران اصلی و سرمایه گذاران بخش خصوصی و نیز تمهیدات بودجه لازم برای پوشش جغرافیای کشور توسط سیاستگزاران ریلی از چالش‌هایی توسعه این شبکه مهم محسوب می‌گردد. از طرفی نقش محوری توسعه راه‌آهن و گسترش عدالت، پیشرفت کشور که در اسناد بالادستی بخوبی مشخص شده کمتر موردتوجه قرار گرفته است. همچنین زیرساخت‌های ریلی در تعامل با حمل‌ونقل جاده‌ای، هوایی، دریایی و لوله‌ای به‌صورت جزیره‌ای و نیز بخشی در نظر گرفته شده‌اند که به طور مجزا اهداف و منافع خود را پی می‌گیرند. برای توسعه حمل‌ونقل ریلی با درنظرگرفتن اهداف و سیاست‌های راهبردی لازم است مدلی شفاف و متناسب با شرایط بومی کشور و افزایش ترانزیت توسعه داده شود. ازاین‌رو شناسایی ابعاد و مؤلفه‌های تشکیل‌دهنده نظام جامع حمل‌ونقل ریلی و ارتباط صحیح میان آنها یک نیاز مبرم محسوب می‌شود. سازماندهی حمل‌ونقل ریلی فراتر از آنچه که هست و با حضور گسترده بخش خصوصی در قالب طرح‌های بلندمدت از جمله بخش‌های عملیاتی که در سند جامع توسعه حمل‌ونقل ریلی است باید لحاظ نمود و همه ذینفعان، توسعه راهبردی حمل‌ونقل ریلی با نگاه به همه بخش‌ها و زیربخش‌ها به‌منظور بهینه‌سازی راه‌ها و وسایل نقلیه ریلی مدنظر قرار دهند. دراین‌بین لازم است روابط میان حمل‌ونقل ریلی و سایر عناصر نظیر عوامل اقتصادی، زیست‌محیطی و اجتماعی به طور دقیق بازنگری و تبیین شود. در این صورت دسترسی صاحبان کالا و شهروندان به ریل افزایش‌یافته و به تغییر سبک زندگی مردم از طریق ارتباطات و جابه‌جایی کارآمد و توسعه جمعیتی و منطقه‌ای منتهی می‌شود که این خود زمینه توسعه پایدار اقتصادی، اجتماعی کشور را فراهم می‌نماید. از طرفی در رویکردهای لجستیکی و جغرافیایی به نظام‌های حمل‌ونقل ریلی، عناصر قابل‌جابه‌جایی به دو دسته کلی مسافر و بار قرار می‌گیرند که در فضای زیرساخت‌ها از طریق داده‌های حمل‌ونقل به جریان جابه‌جایی ایمن بین پایانه‌ها و مبادی ورودی و خروجی کمک می‌نمایند و نقشه مهمی که در سامانه سه‌بعدی ترافیک، مسیر ریلی و کاربر می‌گنجد کمک می‌نماید. دراین‌بین نقش محوری حمل‌ونقل ریل پایه و جایگاه ملموس آن برای متقاضیان در گستره جغرافیایی کشور تعیین می‌گردد. توسعه حمل‌ونقل ریلی هزینه‌های فزاینده احداث و گسترش فرودگاه‌ها را کاهش داده و با سوخت نسبتاً پایین جابه‌جایی انبوه مسافران و کالا را در مسافت‌های نسبتاً طولانی امکان‌پذیر می‌نماید. از طرفی ایمنی بالا و دسترسی مناسب برای جغرافیای مناطق و روستاها آن را برای محموله‌های کوچک نیز جذاب نموده است. در سیاست‌گذاری حمل‌ونقل ریلی رویکرد غالب حرکت به سمت وسایل نقلیه همگانی محور است. راهبردهای مهندسی حمل‌ونقل بر بهینه‌سازی سامانه‌ها به‌منظور تسهیل جابه‌جایی مناسب تأکید دارد. رویکرد بهره گیری از حمل‌ونقل ریلی در واقع رهیافتی است که به ایجاد شهر مطلوب برای زندگی انسان‌ها بر اساس مدیریت تقاضای سفر تأکید داردو حمل‌ونقل با دارا بودن روش‌های سبز، تولید آلاینده‌ها و گازهای گلخانه‌ای را به حداقل رساند و ارمغانی مطلوب برای محیط زیست به همراه می‌آورد. از سوی دیگر ضرورت‌های توجه به صرفه جویی انرژی و استفاده از اطلاعات برای کنترل سامانه‌های ریلی وجهی از هوشمندی و سایبرنتیک را ایجاد می‌نماید. از این رو بهینه‌سازی تأسیسات و تسهیلات حمل‌ونقل ریلی می‌تواند به بهینه‌شدن فرایند حمل مسافر و ناوگان ریلی منتهی گردد. دراین‌بین مدیریت حمل‌ونقل ریلی در سطوح راهبردی، تاکتیکی و تکنیکی نقش به سزایی در ارتقا و بهبود نیازهای کشور دارد. در مدیریت اصولی صنعت حمل‌ونقل ریلی به اجزای متعامل این صنعت تأکید شده و روند دستیابی به اهداف و برآوردن نیازها را تسهیل می‌نماید. از سوی دیگر ضرورت توجه به بخش خصوصی و واگذاری تصدی‌های ریلی به نهادهای غیردولتی می‌تواند گستره خدمات صنعت حمل‌ونقل ریلی را مطابق قانون افزایش دهد. از نگاهی دیگر عدم وجود مدیریت یکپارچه منابع ریلی لزوم استفاده از فن اوری اطلاعات و ارتباطات و توسعه ابعاد سخت افزاری شبکه ریلی را در بستر رایانه‌ای بیش از گذشته مشخص می‌سازد. از این رو سند جامع توسعه حمل‌ونقل ریلی با محدودیت‌هایی روبرو می‌شود که برخی از مهم‌ترین آنها را می‌توان در عدم واگذاری صد در صدی تصدی‌ها در سطوح ملی و استانی به ذینفعان واقعی و نیز نبود استراتژی جامع برای مدیریت یکپارچه سازی حمل‌ونقل ریلی با سایر مودهای حمل‌ونقل، عدم توجه جامع به استفاده پدافندی از شبکه ریلی رو و زیرزمینی، هوشمند نبودن همه زیرساخت‌ها، عدم تناسب تقاضا با عرضه در حوزه حمل‌ونقل ریلی، عدم توجه جامع و یکپارچه به ایمنی با توجه به خسارات اسفناک تصادفات جاده‌ای، کمبود بودجه‌های لازم و کافی برای گسترش زیرساخت‌های ریلی، عدم استفاده از زیرساخت‌های ریلی برای تجارت‌های بین المللی در حد متعادل، نکته مهم دیگر لزوم توجه به رویکردهای مدیریتی در لجستیک شبکه ریلی است. در این میان هوشمندسازی زیرساخت‌های ریلی براساس معماری‌های کلان و استفاده از فن آوری های نوین دوستدار محیط زیست موضوعی ضروری به نظر می‌رسد که می‌تواند روند ارتقای سطح ایمنی شبکه ریلی را سرعت بخشد. همچنین رویارویی فعال حمل‌ونقل ریلی با حوزه‌های مختلف اقتصادی با لحاظ نمودن سیاست‌های توسعه عادلانه بخش ریلی به پیشرفت فراگیر آن کمک شایانی می‌نماید.
بنابر آنچه در فوق گفته شد، در برنامه ریزی راهبردی حمل‌ونقل ریلی، هنر و علم تدوین، اجرا و ارزیابی تصمیاتی است که شرکت‌های ریلی را قادر می‌سازد به هدف‌های بلندمدت خود در بخش جابه‌جایی بار و مسافر دست یابند. فرایند مدیریت راهبردی در صنعت حمل‌ونقل ریلی شامل سه مرحله است نخست: علاوه بر داشتن ساختار مناسب، قوانین بالغ و نظارت مؤثر، تدوین راهبردها، اجرای راهبردها و ارزیابی راهبردها بسیار اهمیت دارد. دراین‌بین یکی از راهبردهای مهم حمل‌ونقل ریلی افزایش سرعت بازرگانی قطارها و سرعت سیر قطارها در بلاک و نیز کمینه کردن زمان تأخیر قطارها در مسیرهای ریلی کشور و ایجاد رضایت مسافران و صاحبان کالا در سطح کشورهای توسعه یافته است. از این رو توسعه ایمنی و افزایش کارایی و ظرفیت سامانه‌های حمل‌ونقل ریلی که در نهایت به توسعه اقتصادی کشور منتهی گردد. توسعه صنعت حمل‌ونقل ریلی لازم است با محوریت ارتقای ایمنی و کاهش هزینه‌های ناشی از سوانح باشد از این رو می‌توان اولویت‌های راهبردی صنعت حمل‌ونقل ریلی را ارتقای سطح ایمنی سفرها، بهبود شرایط زیست محیطی و کاهش مصرف انرژی دانست که مستلزم همکاری و انسجام میان بخش خصوصی و ارگان‌های دیگر با وزارت راه و شهرسازی، وزارت صمت و کشور است که بر این اساس بتواند توسعه زیرساخت‌ها را از طریق همکاری و تعامل مراکز تحقیقاتی، کاربردی، پژوهشی و ریلی میسر ساخت. در یک جمعبندی می‌توان گفت با توجه به اینکه توسعه شبکه ریلی از اولویت‌های مهم و راهبردی کشور است و نیز با لحاظ فاصله وضعیت موجود صنعت حمل‌ونقل ریلی با کشورهای همسایه و توسعه یافته نیاز به طراحی و پیاده‌سازی برنامه‌های بلندمدت ضروری می‌نماید. به منظور استقرار برنامه‌های بلندمدت توسعه حمل‌ونقل ریلی اهمیت شایسته سالاری در انتخاب مدیران، وجود عزم ملی و آموزش و اقناع عموم و به ویژه تصمیم گیران ضروری می‌نماید. در این راستا ارتقای سطح اگاهی های عمومی و همکاری و تعامل نهادهای کاربردی از اهمیت ویژه‌ای برخوردار می‌شود. در نهایت چنین می‌توان گفت که پیاده‌سازی برنامه ریزی راهبردی در صنعت حمل‌ونقل ریلی یک فرایند راهبردی است که می‌تواند نهادهای متولی را برای تعریف راهبرد ریلی و تصمیم‌گیری برای چگونگی یافتن منابع مورد نیاز برای رسیدن به مقصود استراتژی، در صنعت حمل‌ونقل ریلی تسهیل سازد.