در حالی که قانون مناطق آزاد میثاق مشترک دولت و بخش خصوصی است، به این قانون توجهی نمی‌شود و قوانین داخلی به آن تعمیم داده شده و در عمل قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تضعیف شده است. مشوق‌ها و مزیت‌های مناطق آزاد بی اثر شده است. از سوی دیگر لوایح دولت‌ها و طرح‌هایی که در مجالس مختلف در ارتباط با مناطق آزاد در صحن مجلس تصویب شده چیزی به مناطق آزاد اضافه نکرده و عملاً مسیر و جریان سرمایه گذاری ورودی جدید یا امکان استمرار حضور سرمایه گذاران موجود را با عدم سودآوری همراه کرده که خلاف منافع ملی است.مناطق آزاد تجاری صنعتی جمهوری اسلامی ایران درمناطق کم برخوردار و دور افتاده از پایتخت تأسیس شده و دارای ظرفیت‌های متنوع برای همکاری‌های اقتصادی با کشورهای همسایه و تبدیل شدن به هاب سرمایه گذاری‌های مشترک در حوزه‌های مختلف ترانزیتی، گردشگری و تولیدی-صنعتی هستند؛ موضوعی که در ماده 11 سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی از سوی مقام معظم رهبری بر آن صحه گذاشته شده اما در عمل مورد توجه قرار نمی‌گیرد.مناطق آزاد باید بدون قوانین و آئین نامه‌های مزاحم فعال باشند و کارویژه اصلی مناطق آزاد تسهیل گری در جذب و نگاهداشت کسب و کارها و سرمایه گذاری‌ها است، موضوعی که از دهه 90 خلاف آن را شاهد هستیم. نکته جالب توجه اینکه طی سه دهه گذشته مواد 35 قانون برنامه چهارم، ماده 120 قانون برنامه هفتم و ماده 65 قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه که همزمان با برنامه ششم تصویب شده، بر لزوم استقلال قانونی سازمان‌های عامل مناطق آزاد، تفویض اختیار به رییس هیأت مدیره و مدیرعامل سازمان عامل هر منطقه آزاد به عنوان بالاترین مقام اجرایی دولتی در آن محدوده و ظرفیت‌های آن در اقتصاد داخلی و بین المللی کشور تأکید شده، اما بعد از گذشت سه دهه در عمل چنین نبوده است.
حدود 70 درصد قوانین به اجرا در نیامده و امروز اگر مناطق آزاد در تحقق و عملیاتی سازی ظرفیت‌ها، فرصت‌ها و بهره برداری از مزیت‌های خود موفق نبوده‌اند، بخش عمده‌ای ناشی از عدم اجرای کامل مزیت‌های قانونی مناطق آزاد تجاری صنعتی کشور است.