یکی از نکاتی که در رابطه با مسکن روستایی وجود دارد و از مسائلی است که سال‌هاست در رابطه با آن تذکر داده می‌شود و به دنبال این هستیم که سیاست‌گذار این مسئله را اصلاح کند، مسئله هدفمندی یارانه سودی است که در وام مسکن روستایی اعطا می‌شود.
دولت منابعی را برای تسهیلات مسکن روستایی در نظر می‌گیرد و این تسهیلات را تبدیل به تسهیلات قرض‌الحسنه می‌کند که در واقع این مسئله سطح تقاضای بالایی را برای دریافت تسهیلات مسکن روستایی ایجاد می‌کند. همچنین در طرف دیگر هیچ‌گونه مدیریت تقاضایی از سوی بنیاد مسکن یا حاکمیت در این خصوص انجام نمی‌شود تا این تسهیلات مسکن روستایی اگر یارانه سودی به همراه دارد، به دهک‌های درآمدی که جامعه هدف دریافت این تسهیلات هستند، تخصیص یابد.
مسلماً در این صورت انحراف منابع تشدید می‌شود و مانند عمده یارانه‌هایی که دولت می‌پردازد، ضریب انحرافش به سمت دهک‌های بالاتر درآمدی بیشتر خواهد شد. اعطای یارانه تسهیلات مسکن روستایی به صورت کنونی باعث ایجاد بی عدالتی می‌شود؛ به طوری که متقاضیان یک روستای متمول در ناحیه شمال کشور و روستایی در مناطق محروم کشور، به یک میزان از این یارانه بهره‌مند می‌شوند.
این یارانه سودی که اعطا می‌شود ممکن است آثار تورمی داشته باشد؛ چرا که موجب بدهی دولت به بانک‌ها می‌شود که این مسئله در ادامه منجر به اضافه برداشت‌های دولت از منابعی نظیر بانک مرکزی می‌شود. اگر دولت، مدیریت تقاضا را به درستی انجام دهد و برنامه ریزی به این صورت باشد که این یارانه سود تسهیلات به دهک‌های پایین‌تر در مناطق هدف اعطا شود، می‌تواند اثرگذاری مد نظر را افزایش دهد.
در ارتباط با لزوم ارائه امکانات و تسهیلات به روستاییان، فقط موضوع مهاجرت آنها به شهرها و مشکلاتی که به لحاظ حاشیه‌نشینی و بیکاری در شهرها به وجود می‌آید، مطرح نیست. اگر روستائیان در تمام مناطق ایران از امکانات دولت و تسهیلات بانک‌ها بهره مند باشند، امشکل تأمین مسکن آنها ادامه دار نخواهد شد. از طرفی آمدن روستاییان به شهرها باعث می‌شود که تولید در کشور دچار مشکل شود.
