شرکت‌های هواپیمایی در کشور ما از سال‌های گذشته به دلیل عدم مدیریت صحیح، ناکارآمدی، نبود سیستم بروز و با کیفیت، نبود ارتباط مؤثر با شرکت‌های معتبر هوایی دنیا، عدم سرمایه گذاری در بخش تحقیقات و آموزش نیروهای با دانش، نبود در آمد زایی مکفی و غیره دچار برخی چالشها و مشکلات شده‌اند.
یکی از مشکلاتی که خیلی مشهور و معروف است کمبود، فرسودگی، تحریم ناوگان و قطعات است. این موضوع باعث شده است شرکت‌های هوایی هر نوع هواپیمایی که امکان خریدشان در بازار وجود دارد به سراغش بروند و بخرند. این موضوع باعث شده است تنوع ناوگان افزایش پیدا کند و این روند قطعاً هزینه شرکت‌ها را به مراتب افزایش داده است. چون برای هر نوع هواپیمای جدید که وارد سیستم می‌شود نیازمند خلبان جدید، نیروی فنی جدید، انبار جدید، استاک جدید که بسیار هزینه زا است، است. این کار باعث می‌شود هزینه‌های شرکت‌های هواپیمایی به مراتب افزایش پیدا کند و شرکت‌های هواپیمایی را دچار چالشها و مشکلات اقتصادی و مالی فراوانی بکند.
معضل بعدی کاهش جدی در آمد و منابع درآمدی است. از یک طرف ما منابع در آمدی شرکت‌ها را فقط به فروش بلیط، بار و نظیر اینها اختصاص دادیم. از طرفی دیگر هزینه‌ها در داخل کشور متورم شده است یعنی هزینه‌ها افزایش پیدا کرده است و ما شاهد کاهش درآمدها هستیم. به نظر می‌آید علاوه بر فروش بار و بلیط مسافر و نظایر آن، پلت فرم‌های متعدد دیگری هستند که امکان کار روی آنها وجود دارد و باعث‌می شود تأثیر تحریم و فرسودگی ناوگان در آن کمتر باشد. مثل کترینگ که می‌تواند منبع در آمد خوبی باشد. و یا خدمات هندلینگ و فرودگاهی که باعث ایجاد منبع درآمدی خوبی می‌شوند. اگر امکانات لازم در اختیار کترینگ فرودگاهی و خدماتی قرار بگیرد می‌تواند در آمد زایی آنها افزایش پیدا کند. همچنین خدمات فنی و مهندسی هم می‌توانند منبع در آمد خوبی باشند. علاوه بر فروش بار مسافر، پلت فرم‌های زیادی هست که با تقویتشون در درون و ارائه تسهیلات توسط آنها می‌تواند منشأ در آمد و خیر و برکت شوند.
با محدویت هایی که ناشی از تحریمی که منجر به ایجاد نقصان در زیر ساخت‌های اجرایی شده است، مانند تهیه، نصب و بروز رسانی نرم رسانی نرم افزارهای مورد نیاز مثل فروش بلیط، بار، قرار دادهای بین المللی نظیر قرار دادهای فرودگاهی، قرار دادهای کد شرینگ، قرار دادهای کترینک، خدمات فنی و مهندسی که به خاطر محدویت های ناشی از تحریم‌ها باعث نقصان شده و مشکلاتی را ایجاد کرده است. به عبارت دیگر ما از نظر نرم افزاری هم با این صنعت فاصله پیدا کرده‌ایم و بروز نیستیم.
به خاطر صرفه جویی‌ها از تربیت نیروی انسانی کار آمد، متخصص و مجرب، برگزاری دوره‌های آموزشی، اعزام کارکنان به شعب دیگر و سایر حوزه‌ها، از رشد و شکوفایی بخش منابع انسانی جلوگیری شده است و این نقصان به بدلیل عدم توجه جدی در گذشته عمیق‌تر هم شده است.
از سال‌های گذشته و بالاخص از ابتدای برنامه توسعه پنجم، عدم هماهنگی نرخ رشد تورم با نرخ رشد در آمد شرکت‌های هوایی و نرخ هزینه‌ها هم خوانی و هم راستایی نداشته است. طبق آخرین آمار سال‌های گذشته نرخ رشد هزینه‌ها نزدیک به 54٪ بیشتر از نرخ رشد در آمد شرکت‌های هوایی بوده است. این آمار مربوط به آخر برنامه پنج ساله چهارم می‌باشد. با بررسی دقیق‌تر متوجه می‌شویم که رشد هزینه شرکت‌های هواپیمایی با سرعت بیشتری نسبت به افزایش قیمت بلیط یا خدمات آنها افزایش پیدا کرده است و در آمد ها به آن سرعت رشد پیدا نکرده است. این تفاوت رشد باعث بروز مشکلاتی جدی برای اقتصاد شرکت‌های هواپیمایی شده است.از سال‌های گذشته ساختار سازمانی شرکت‌های هوایی ما با شرایط روز دنیا و سایر کشورها تطابق پیدا نکرده است و از انعطاف پذیری و چابکی خوبی برخوردار نبوده است. برای همین است در تعاملاتش با شرکت‌های کوچک و بزرگ داخلی و خارجی دچار مشکل شده است. با بررسی برخی از شرکت‌های هوایی روی منحنی عمر سازمانی به این نتیجه می‌رسیم که آنها در مرحله پیری قرار دارند و شاخص‌های پیری در شرکت‌های هوایی مشهود می‌باشد. در سالیان گذشته تصمیم گیری‌هایی که در سطح شرکت‌های هواپیمایی صورت می‌گرفته است، غالباً بر مبنای مشکلات روزمره بوده است. بعضی از مشکلات نیازمند روشی استراتژیک است تا حل شوند یعنی با طراحی راه حلی استراتژیک و بر اساس مطالعات دقیق و بنیادین طی یک یا چند دوره می‌توان عوارض آن مشکلات را به حداقل رساند.دست و پنجه نرم کردن مدیران با معضلات و مشکلات روزمره قطعاً توان آنها را کاهش می‌دهد و باعث می‌شود از برنامه‌های استراتژیک بلند مدت عقب بیفتند. این روند باعث می‌شود که مشکلات دیگری مرتب بوجود بیایند و آنها را هر روز درگیر خود کند و با انباشت مشکلات مواجهه گردند.
